El municipio de Yalaguina esta organizado en 7 microrregiones, distribuidas en las zonas rurales y urbana, esta division fue aprobada por el concejo municipal. La subdivisión politiva adminsitrativa del municipio de Yalaguina esta conformada 28 comunidades y 5 barrios, los que se detallan de la siguiente manera:
Microrregión 1
Salamasí (cabercera)
Cerro grande
Quebrada arriba
Samascunda
Los Calpules
Microrregión 2
La Esperanza (cabercera)
Arado Quemado
San Antonio
Santa Ana
Microrregión 3
El Chagüite (cabercera)
El Terrero
Cofradía
Esquipulas
Microrregión 4
La Cruz(cabercera)
San Ramón
Trapichito
Palo Verde
El Carrizo
Microrregión 5
Los Encuentros (cabercera)
El Hatillo
Rio Abajo
Villa Lucinda
Microrregión 6
Las Cruces (cabercera)
El Jocote
La Muta
Enoc Ortez
La Palmera
Microrregión 7
Barrio Ricardo Morales Aviles (Sector 1)
Barrio Coronel Santos López (Sector 2)
Barrio Jonathan González (Sector 3)
Barrio Martha Angelica Quezada (Sector 4)
Barrio San Bartolo
